Personalized bacteriophage therapy to treat pandrug-resistant spinal Pseudomonas aeruginosa infection.

Bone and joint infections (BJI) are one of the most difficult-to-treat bacterial infection, especially in the era of antimicrobial resistance. Lytic bacteriophages (phages for short) are natural viruses that can selectively target and kill bacteria. They are considered to have a high therapeutic potential for the treatment of severe bacterial infections and especially BJI, as they also target biofilms. Here we report on the management of a patient with a pandrug-resistant Pseudomonas aeruginosa spinal abscess who was treated with surgery and a personalized combination of phage therapy that was added to antibiotics. As the infecting P. aeruginosa strain was resistant to the phages developed by private companies that were contacted, we set up a unique European academic collaboration to find, produce and administer a personalized phage cocktail to the patient in due time. After two surgeries, despite bacterial persistence with expression of small colony variants, the patient healed with local and intravenous injections of purified phages as adjuvant therapy.

La négativité persistante des prélèvements nasopharyngés est-elle fiable pour éliminer une pneumonie au SARS-CoV-2 chez un patient en quarantaine post-exposition ?

Introduction La détection du SARS-CoV-2 dans la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) repose sur un test par RT-PCR effectué à partir d’un écouvillon oro- ou nasopharyngé (ENP). Nous rapportons ici le cas d’un patient contact de sujets confirmés au sein du cluster des Contamines-Montjoie, Haute Savoie, qui a développé au cours de son suivi une pneumonie associée au SARS-Cov-2 diagnostiquée par une aspiration endotrachéale (AET) testée positive alors que l’ensemble des ENPs réalisés sont restés négatifs. Matériels et méthodes Les caractéristiques cliniques du patient ont été suivies quotidiennement pendant la quarantaine dans un hôpital tertiaire français. Le diagnostic du SARS-Cov-2 était basé sur un test par RT-PCR développé par le Centre National de Référence pour les virus respiratoires ciblant le gène RdRp. D’autres pathogènes pulmonaires ont été recherchés en utilisant un FilmArray® RP2+(BioFire Diagnostics, SLC, États-Unis). Résultats Un homme de 53 ans avec pour seul antécédent une dyslipidémie traitée a été hospitalisé pour une mise en quarantaine après avoir été en contact avec des cas confirmés de COVID-19. À l’admission, le patient était asymptomatique et l’écouvillon nasopharyngé était négatif pour la détection du SARS-CoV-2. Au jour 5, il a présenté une fièvre isolée (38,1°C), sans signe d’infection des voies respiratoires hautes ou basses. La radiographie thoracique réalisée au jour 6 montrait un discret syndrome interstitiel bilatéral bi-basal. Une tomodensitométrie thoracique réalisée au jour 7 montrait des images éparses en verre dépoli de localisation périphérique au niveau du lobe inférieur gauche et du lobe moyen. Au niveau biologique, la seule anomalie identifiée était un minime syndrome inflammatoire (protéineC réactive à 12mg/L). La fièvre a persisté 3jours avec un maximum mesuré à 38,5°C. Les autres paramètres cliniques - dont la SpO2 - sont restés normaux, sans survenue d’autre symptôme jusqu’au jour 9, où le patient a présenté une toux sèche associée à une rhinorrhée. Une AET a été réalisée au jour 8 et est revenue positive pour le SARS-CoV-2. Ce résultat a été confirmé par un crachat induit le jour 9, tandis que l’ENP est demeuré toujours négatif. La recherche d’autres pathogènes respiratoires était négative (ENP et AET). Le suivi clinique de ce cas est toujours en cours. Conclusion Il s’agit de la première description de résultats dissociés entre un ENP négatif de manière persistante et une AET positive chez un patient atteint d’une pneumonie liée au SARS-CoV-2. Cette observation suggère que pour les patients à haut risque de COVID-19, même des symptômes bénins (comme un fébricule isolé) devraient inciter les cliniciens à effectuer une tomodensitométrie thoracique et un prélèvement des voies respiratoires inférieures pour dépister l’infection.

Cas groupés d’infections au nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) aux Contamines-Montjoie, Haute-Savoie, janvier–février 2020

Introduction Le 7/02/2020, Santé publique France a été informée via European Early Warning and Response System (EWRS) d’un cas confirmé d’infection au nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) chez un anglais infecté à Singapour. Ce cas index était symptomatique durant son séjour en Haute-Savoie du 24 au 28/01 où il a résidé dans 2 logements successifs. Il ne s’est signalé qu’après son retour en Angleterre, où le diagnostic de COVID-19 a été confirmé. Matériels et méthodes Un cas possible était défini comme tout patient présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë et ayant un lien avec le cas index ou avec un cas confirmé lié à ce cas index ;un cas confirmé était un cas possible avec un prélèvement positif par RT-PCR à SARS-CoV-2. Les cas confirmés ont été interrogés par Santé publique France et l’Agence régionale de santé pour documenter les caractéristiques cliniques et identifier leurs contacts durant leur période symptomatique. Les sujets contacts identifiés ont été interrogés pour évaluer leur niveau d’exposition permettant de les classer en 3 catégories de risque (modéré/élevé, faible et négligeable) puis de leur transmettre les consignes (adaptées à leur catégorie de risque) d’isolement et de surveillance de leur état de santé. Résultats Le cas index a séjourné dans un chalet avec 10 autres touristes anglais et une famille de 5 anglais (2 adultes et 3 enfants) résidant en France dans un autre appartement de ce chalet. Parmi ces 16 personnes, 12 ont été testées positives pour le SARS-CoV-2 : 6 en Angleterre (dont le cas index), 5 en France (dont un enfant) et 1 en Espagne, soit un taux d’attaque global de 75 %. Cinq autres touristes anglais ayant séjourné dans le chalet après le départ du cas index ont été en contact avec les cas confirmés symptomatiques : l’un d’eux a été confirmé positif à SARS-CoV-2 le 15/02, traduisant une seconde chaîne de transmission au sein du chalet ;aucun des 6 cas confirmés en France ne présentaient alors de signe de gravité. Au 16/02, 169 sujets contacts ont été recensés dont 70 ont rapporté des symptômes et classés comme cas possibles : 67 ont été testés négatifs. Parmi ces contacts, 46 % étaient en lien avec trois écoles et un club sportif fréquentés par le cas pédiatrique confirmé. Conclusion Il s’agit du premier cluster large documenté en France qui aura été remarquable par le nombre élevé de cas dans l’environnement confiné du chalet (au 16/02, n=13 : 1 cas index, 11 cas secondaires et 1 cas tertiaire), le nombre important de sujets contacts suivis, et son caractère international (3 pays concernés).